A escola surgiu da união de sambistas do G.R. Escola de Samba Acadêmicos de Vila Madalena e do Bloco Boca das Bruxas. A origem do nome da escola é controversa: há uma versão de que se trata de alusão à "Jóia Rara do Samba" e outra de que o nome é sugestão do fundador da escola, que se inspirou em garrafa da cerveja Pérola Negra. Sua estreia no Carnaval Paulistano ocorreu no ano de 1974, levando para a avenida São João o samba-enredo "Piolim, Alegria Circo História.

No ano de 2011 a Pérola veio com o enredo "Abraão, o patriarca da fé" e contou a história do personagem do Velho Testamento e Patriarca das tradições judaica, cristã e islâmica. Durante o preparatório para o carnaval o barracão da escola sofreu com as enchentes.

Em 2012, a Pérola homenageará Itanhaém, cidade litorânea paulista que completará 480 anos de fundação.